En las primeras versiones de gvSIG se desarrolló un soporte de CRS (Sistema de coordenadas de referencia) con una funcionalidad y soporte de definiciones básico. Esta implementación permite al usuario seleccionar el sistema de referencia en base al datum, la proyección y el huso.

Sin embargo tiene algunas limitaciones a la hora de realizar transformaciones, además de no soportar, por ejemplo, los husos del hemisferio sur.

A continuación se desarrolló una nueva versión basada en las librerías geotools y Proj4, con muchas más funcionalidades, definiciones de CRS, incluso con la opción de permitir al usuario a creación de sus propios CRS.

Sin embargo el nuevo soporte presenta dos problemas:

• Mientras que gvSIG está desarrollado en lenguaje java, permitiendo su ejecución en multitud de plataformas, al usar Proj4 que es una librería nativa se ha perdido esa independencia de plataforma. Aunque Proj4 está disponible en múltiples arquitecturas y sistemas operativos, obliga a gvSIG a generar instalables distintos para cada uno de ellos. Todo ello aumenta la complejidad y el mantenimiento de gvSIG.
• El nuevo soporte emplea una base de datos local para la consulta CRS soportados, además de requerir la instalación de la librería Proj4, junto con sus dependencias. Esto implica unas necesidades de recursos (memoria y disco duro) mayores que en el soporte previo.

Recientemente además la Asociación gvSIG ha desarrollado un nuevo proyecto enfocado a entornos educativos: gvSIG Educa. Dentro de dicho proyecto se incluye gvSIG Batoví, que es la distribución que da origen a gvSIG Educa. Esta distribución está impulsada por el Ministerio de Transporte y Obras Públicas (MTOP) de la República Oriental del Uruguay y desarrollada por la Asociación gvSIG y la Facultad de Ingeniería de la Universidad de la República (UdelaR), y está enfocada al uso de un Sistema de Información Geográfica en entornos educativos con destino al PlanCeibal (Uruguay)

Se trata de una distribución de gvSIG desktop 2.0 para ser instalada en ordenadores OLPC. Dichos ordenadores tienen unos recursos limitados, por lo que no es viable el uso del soporte de CRS basado en Proj4. Por otro lado el uso del soporte básico no es posible, al carecer de soporte para los husos del hemisferio sur.

Como alternativa se ha desarrollado un nuevo soporte de CRS, empleando para ello la librería Proj4J, que es una implementación parcial de Proj4 en lenguaje Java, por lo que es independiente del sistema en el que se instale gvSIG.

Funcionalmente permite elegir el CRS en base a la autoridad y código, aportando soporte para gran número de definiciones.

Este nuevo soporte se incluirá de base en las distribuciones de gvSIG Batoví, además de estar disponible para ser instalada en gvSIG desktop 2.0 a través del gestor de complementos.

En gvSIG desktop 2.0 estarán disponibles inicialmente las 3 implementaciones de soporte de CRS. La básica va de base con gvSIG, y las otras dos se pueden instalar como complementos. En el caso de instalar las tres, la activa será la basada en Proj4. Sino está instalada ésta, entonces se activará la basada en Proj4J.